Clue es un juego de mesa de misterio y asesinato originalmente publicado por Waddington Games, UK en 1948 en el que tendras que navegar por el tablero buscando pistas para averiguar quien es el culpable, con que arma cometió el crimen y en que habitación lo hizo. En la edición de Legend of Zelda las cosas cambian un poco, el malvado Ganondorf ha robado la trifuerza y amenaza la tierra de Hyrule una vez más. Lo que debes hacer es descubrir quien posee el poder para detenerlo, que objeto requieres para derrotarlo y en que lugar se encuentra su guarida secreta.